費用負担については，毎年７月頃にMathworks Japan社との間で契約更新手続きを行い，負担金額を確定させます．2009年からは，伝票を研究室ごとに分割するために京都大学生協を代理店としています．このため，請求書は京都大学生協から送付されます．支払い費目は，運営費交付金や科研費など何でも構いません．
新規加入研究室については，加入承認から契約更新までの期間もMATLABを自由に利用していただけます．通常，この期間は試用期間という位置付けで，費用を負担していただいておりませんが，加入時期によっては相応の負担をお願いする場合もあります．また，新規加入研究室については，初年度のみ，新規加入費用（数万円）を負担していただいております．これは，多額の初期導入費用を支払った研究室との間で負担の公平性を保つためですので，ご了承下さい．
2011年度の費用負担実績は以下の通りです．なお，契約条件や加入研究室数の変化により負担額は増減しますので，下記実績は将来の負担額を示すものではありません．
＜契約更新費用＞
合計：４，５５４，９００円（＋税）
＜費用分担＞
１）学術情報メディアセンター： ５５２，０００円（＋税）
２）情報学研究科： ９５１，０００円（＋税）
３）その他： ２，８３５，０００円（＋税）
継続研究室（８０研究室） ３２，０００円×８０
新規加入研究室（５研究室） ５５，０００円×５
＜注意事項＞
※ 初期導入費用の調整のため，新規加入研究室は新規加入費用を負担する．
